胶原蛋白是由三条多肽链构成三股螺旋结构，即3条多肽链的每条都左旋形成左手螺旋结构，再以氢键相互咬合形成牢固的右手超螺旋结构（胶原蛋白特有）。

Ⅰ型胶原的3条肽链，其中有2条α(Ⅰ)链，1条α(Ⅱ)链。α(Ⅰ)链和α(Ⅱ)链之间的氨基酸序列只有微小的差异。

Ⅰ型胶原蛋白主要分布于鱼皮、鱼鳞，猪、牛皮和骨等组织，Ⅰ型胶原在鱼类胶原中一个最显著的的特点是热稳定性比较低，吸收效后明显。

Ⅱ型胶原由3条相同的α链构成，即[αⅠ (Ⅱ) ]3，富含羟赖氨酸，是软骨中的主要胶原。Ⅱ型胶原蛋白由软骨细胞产生。

胶原蛋白和胶原多肽并不相同，胶原蛋白分子经水解后主要形成相对分子量较小的胶原多肽，由于胶原蛋白独特的三股超螺旋结构，性质十分稳定，一般的加工温度及短时间加热都不能使其分解，从而造成其消化吸收较困难，不易被人体充分利用。

水解后胶原蛋白多肽，吸收利用率可高，可以促进食品中的其它蛋白质的吸收。胶原多肽极易溶于水，耐酸碱性，耐高温，吸水性强等，广泛用于食品和化妆品领域。
 

胶原蛋白的三螺旋结构